En la década de los 90s Boca veía con mucha frustración como los años pasaban y el club no conseguía títulos; sus hinchas presionaban a la dirigencia para que tomen cartas en el asunto, es de esta manera que llega Bilardo (campeón del mundo con Argentina 1986) y Maradona, que estaba a puertas del retiro.
Después de Bilardo contratan a el "Bambino" Veira y se queda a un punto de conseguir un título perdido ante su acérrimo rival, River.
Por fin, la dirigencia comandada por su nuevo presidente Macri, pone sus ojos en Carlos Bianchi que venía de marcar historia con su Velez; el "Virrey", a los ya contratados Palermo, los mellizos Barros Schelotto y los colombianos Cordoba, Serna y Bermúdez; se hace con los servicios de Hugo Ibarra, Barijho y el "chino" Pereda.
El equipo consigue los primeros logros al ganar dos campeonatos argentinos de forma consecutiva, Boca tenía un equipo digno de ver y coronó esa etapa con un record histórico de 40 partidos sin derrotas.
Comenzando el siglo XXI llega al equipo el "chelo" Delgado que se complementa a la perfección con los jóvenes Walter Samuel y Juan Román Riquelme. Después de los títulos argentinos conseguidos anteriormente llegan al club los logros internacionales.
En una definición por penales inolvidables, Boca se consagra campeón de la Libertadores 2000 ante Palmeiras en el Morumbí, llenando de orgullo a todo el pueblo boquense y a su más afamado hincha, Maradona, que siguió con mucha pasión dichas ejecuciones siendo comentarista de la cadena PSN. La Copa Intercontinental de ese año fue inolvidable para muchos, porque le ganó al equipo que desde ese año más dinero gasta en el mundo temporada tras temporada, el real madrid, que para ese año había despojado de Figo a su archirrival. Delgado, Palermo y Riquelme, dijeron presente y pusieron al equipo argentino en lo más alto del mundo del fútbol.
El 2001 vuelven a ganar la Copa Libertadores por definición de penales ante Cruz Azul, pero los partidos más recordados serán los ida y vuelta por las semifinales, ante el Palmeiras, donde Riquelme dejó su sello. La Intercontinental la pierde ante el Bayern Múnich y el primer ciclo de Bianchi termina.
El 2002 vendieron a su símbolo, ídolo y referente, Riquelme; pero la posta la agarró otro jugador que llenaría ese hueco, Tevez.
Para el 2003 el "profe" Tabárez no pudo con la presión y dejó la dirección técnica para el retorno de Carlos Bianchi, comenzando de esta manera su segundo ciclo. Como ya era su costumbre Boca volvió a ganar la Libertadores y sentando supremacía de los equipos de Bianchi ante conjuntos brasileños; Paysandú y Santos en la final, fueron en esta ocasión las victimas. En Tokio los penales volvieron a dar un título a Boca y se impone al AC Milán.
Hasta este momento muchos periodistas consideraban que el DT tenía una "estrategia" para los penales, que ya venía desde su época de Velez. Sin embargo ese mito se terminó cuando perdió por esa vía la Copa Libertadores 2004 con el Once Caldas de Colombia.
Así se terminó este segundo ciclo exitoso de Bianchi en Boca que, indudablemente, no podía haber sido posible sin los grandes jugadores que le tocó dirigir. Marcó muchos hitos importantes, como las legendarias definiciones de penal y las supremacías de Boca: ante River en dos Libertadores y ante los equipos brasileños.
