Tuvieron que pasar 10 años para que un equipo que no sea brasileño o argentino ganara la Copa Libertadores, y es que después que Colo Colo la ganó en 1991, Olimpia pudo romper esa hegemonía coincidiendo con su centenario.
El "rey de copas" paraguayo se impuso en primera fase a tres equipos complicados como Flamengo, Universidad Católica y Once Caldas; en segunda fase le ganó los dos encuentros a Cobreloa. La parte más complicada comenzó en cuartos, cuando le tocó enfrentarse al vigente bicampeón, Boca; el equipo Xeneize venía de perder a su máxima figura, Riquelme, y el profesor Tabárez no encontraba el equipo, al final terminó pagando caro y el conjunto guaraní consiguió la clasificación a semifinales en un par de duelos emocionantes. La semifinal fue otro obstáculo dificilísimo, el Gremio de Porto Alegre esperaba repetir su logró del año 1995, un partidazo en la ida y una definición por penales en la vuelta terminaron clasificándolo a la final para enfrentarse a la sorpresa de la copa, Sao Caetano.
En los papeles el equipo brasileño parecía ser el débil pero dio la gran sorpresa al ganarle en el Defensores del Chaco y todo parecía indicar que el cuento de la Cenicienta se haría realidad; con el uno a cero recibido como local, el cuadro paraguayo puso toda su mística copera y logró ganar en Brasil, de esa manera se fueron a los penales y los guaraníes tuvieron mejor puntería consolidando su tercera Libertadores.
Conquistada la Libertadores 2002 y perdida la Intercontinental, el DT Nery Pumpido dejó el cargo a una leyenda del club, Luis Cubilla. El reto internacional para Cubilla fue la Recopa Sudamericana, copa que se jugó en Estados Unidos ante San Lorenzo, el conjunto "franjeado" fue muy superior y se impuso por dos goles a cero.
Los jugadores que brillaron en este ciclo exitoso fueron: Tavarelli, Julio Cesar Cáceres, Orteman, Julio Cesar Enciso, Gastón Córdoba, Richard Báez, Miguel Ángel Benítez, Esteche, el "loco" Gonzales y el uruguayo Hernán López.
Este periodo de éxitos fue muy refrescante para el fútbol sudamericano, que veía como brasileños y argentinos se llevaban todos los títulos jugados en una década.
